Air Lituanica gikk på vingene i juni 2013, og ble med det første litauiske flyselskapet etter at FlyLAL og Star1 Airlines stoppet sine operasjoner i henholdsvis 2009 og 2010.
Da Air Lituanica kastet inn håndkleet hadde flyselskapet kun én Embraer 175 i operasjon.