Niki ble etablert i 2003 av den tidligere østerrikske Formel 1-kjøreren Niki Lauda, som på den tiden satset på å etablere et lavprisselskap ut fra Wien.
Den første flyvningen var fra Wien til Tenerife på Kanariøyene.
Ett år senere gikk Niki i kompaniskap med Air Berlin. I 2010 økte Air Berlin sin andel i Niki til 49,9 prosent, med NL Holding med Lauda som eier satt med de øvrige aksjene. På den tiden opererte Nikis 17 maskiner 640 flyvninger i uken.
Gjennom samarbeidet med Air Berlin og Etihad åpnet Niki sin første langdistanse-operasjon i 2014.
Kjøpet av Niki-aksjene vil gi kriserammede Air Berlin et pusterom. Etihad er fra før storeier i det tyske lavprisselskapet og aksjeoverdragelsen er en del av en joint venture-avtale som nylig ble inngått mellom TUI, Etihad og Niki.
Avtalen gjør at Niki overtar Air Berlins flyvninger til destinasjoner i Sør-Europa (unntatt Italia), i tillegg til Nord-Afrika.