Angrepet begynte klokken 7.24 lokal tid torsdag. Både interne og eksterne systemer er rammet, ifølge selskapet.
– Det vil sannsynligvis påvirke flyginger fremover. Det er mulig at det blir forsinkelser og kanselleringer, sier en talsperson for selskapet.
Japan Airlines jobber med å fikse problemene. Flyselskapet er det nest største i Japan etter All Nippon Airways (ANA).
(©NTB)